Thứ nhất, quá trình thực hiện thiếu bài bản và không có sự tham gia tư vấn của người có chuyên môn, các chuyên gia nên việc thực hiệu thiếu định hướng, mục tiêu rõ ràng và khó có thể đo lường được hiệu quả hoạt động sau khi áp dụng.

Thứ hai, một thách thức nữa của tổ chức cũng như doanh nghiệp chính là thiếu sự tham gia đồng bộ và đồng thuận của các thành viêc trong tổ chức.

Thứ ba, một thách thức khác nữa chính là thiếu sự giám sát của các tổ kiểm tra giám sát nên việc thực hiện ngày có thể chưa đạt được hiệu quả như mong đợi.

Thứ tư, Sau khi áp dụng 5S, đào tạo thực hành Kaizen một thời gian thì mọi việc lại trở về như cũ vì không áp dụng các nguyên tắc một cách bền bỉ, không tạo được thói quen cũng như sự cố gắng của tất cả thành viên trong tổ chức.

Như vậy, để việc áp dụng 5S, Kaizen có hiệu quả thì người lãnh đạo cao nhất của công ty phải thực sự quyết tâm để mọi cán bộ công nhân viên tuân thủ hửng ứng làm theo. 5s, Kaizen nếu thực sự áp dụng được vào công ty sẽ đem lại hiệu quả vô cùng to lớn đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.